JASRACには議決機関として、社員総会、理事会があり、それぞれ定款に定められた運営に関する重要事項を審議・決定します。
社員総会は、すべての正会員で構成され、理事・監事・会計監査人の選任・解任、定款の変更、管理委託契約約款の変更などを決議します。
理事会は、正会員又は学識経験者もしくはJASRAC職員の中から社員総会の決議によって選任される理事によって構成され、JASRACの業務執行の決定などを決議します。